Кстати очень неплохая идея создать словарь. Хотя все есть в хелпе...
Да! Проходимость обязательно сохраняется! Я успел проглядеть проект вскользь (потом отпишусь) и заметил, что Swap Tileset ты там не используешь. Тогда никаких заморочек, меняй проходимость тайлсетов как тебе захочется.
Пойми, в мейкере есть такая фишка... Когда ты добавляешь файл с именем "NAME", и файл с таким же именем имеется в РТП, мейкер незадумываясь заменяет РТП-шный файл на файл, лежащий нпосредственно в папке проекта. Будь то звук, графика, или же данные (а таблица проходимости относиться к данным). А файлы данных помещаются в папку проекта сразу при создании, чтобы сразу приняться за их редактирования. Я надеюсь понятно объяснил? Если что-то не понял, спрашивай. Но лучше в тему о помощи или в личку - а то оффтопик страшный развелся %)